تم افتتاح المبنى الجديد للمكتبة عام 1424هـ / 2003م بتبرع كريم من صندوق الأقصى المنبثق عن القمة العربية، وبإشراف البنك الإسلامي للتنمية.

ويتكون مبنى المكتبة المركزية من خمسة طوابق (900م² لكل طابق) بمساحة إجمالية (4500م²) موزعة على النحو التالي:

الطابق الأرضي، وفيه

• المداخل الرئيسة للمبنى.
• وحدتا الإعارة والإرجاع وغرفتا الأمانات جهتي الطلاب والطالبات.
• غرفة خدمات التصوير الورقي للطلاب والطالبات.
• قاعة الدوريات والأرشيف الصحفي. : وتضم الدوريات، والمجلات العلمية والأكاديمية، والجرائد اليومية والأسبوعية باللغتين العربية والإنجليزية.
• جناح المجموعات الخاصة التي تضم أوعية المعلومات ذات الطابع الخاص مثل . : .
• الكتب والإصدارات التي تتناول الشئون الفلسطينية (تاريخ ـ تربية وتعليم- بيئة- سياسة...).
• الكتب والإصدارات التي تتناول الشئون الإسرائيلية (تاريخ ـ تربية وتعليم- بيئة- سياسة...).
• الكتب والإصدارات الحكومية الخاصة بالوزارات والمؤسسات الرسمية الفلسطينية.
• مطبوعات وإصدارات ونشرات الأمم المتحدة والمنظمات التابعة لها.

الطابق الأول، وفيه:

• قاعة الكتب العربية: تعتبر من أهم قاعات المكتبة لاحتوائها على الكتب التي تهم الطالب في مجال التخصص ومتطلبات الكلية والجامعة، وتلبي كافة احتياجات الطلبة على اختلاف تخصصات ومستوياتهم، حيث تزخر بآلاف الكتب ـ باللغة العربية ـ في جميع المعارف الإنسانية العلمية، والأدبية والأكاديمية وغيرها. وجميع مقتنيات هذه القاعة متاحة للإعارة.

الطابق الثاني وفيه:

• قاعتا المراجع: قاعة مخصصة للطلاب، وأخرى للطالبات، حيث تضمان جميع أوعية المعلومات ـ باللغة العربية ـ والتي ينطبق عليها الصفة المرجعية مثل: المؤلفات متعددة الأجزاء، والسلاسل العلمية، والموسوعات، والأطالس، والمعاجم اللغوية، وجميع مقتنيات هاتين القاعتين لا تعار، ويسمح فيهما للطلبة فقط البحث والتصوير.
• غرفة خدمات التصوير الورقي للطلاب والطالبات.

الطابق الثالث، وفيه:

• قاعة الكتب الإنجليزية: تعتبر أيضاً من أهم قاعات المكتبة لاحتوائها على آلاف الكتب ـ باللغة الإنجليزية ـ في جميع المعارف الإنسانية العلمية، والأدبية والأكاديمية وغيرها. وجميع مقتنيات هذه القاعة متاحة للإعارة. وتحوى كذلك المراجع باللغة الإنجليزية في شتى المجالات المعرفية، ويسمح باستعارة جميع مقتنياتها ماعدا الكتب المرجعية.
• قاعة الرسائل العلمية: ويشتمل على:
  • الرسائل العلمية " الماجستير والدكتوراه" باللغتين العربية والإنجليزية.
  • بحوث التخرج لطلبة الجامعة الإسلامية باللغتين العربية والإنجليزية.
• وحدة التزويد التابعة لقسم الإجراءات الفنية.

الطابق الرابع، ويشتمل على:

• قاعتا التخريج: قاعة للطلاب وأخرى للطالبات، حيث تضمان مجموعات ضخمة من كتب تخريج الحديث النبوي الشريف، كالمسانيد والصحاح والمعاجم وغيرها. ويستفيد من هذه القاعة بشكل خاص طلبة الكليات الشرعية والمهتمين في هذا المجال.
• إدارة المكتبة: وتضم مكاتب مدير وسكرتير المكتبة ورئيس قسم خدمات المستفيدين.
• قسم الإجراءات الفنية: الذي يعمل على تجهيز أوعية المعلومات فنياً، وإتاحتها للمستفيدين.

وسائل الأمان في مبنى المكتبة

يتوفر بالمكتبة المركزية العديد من وسائل الأمان، لتوفير الحماية لرواد المكتبة، والحفاظ على سلامتهم، وكذلك للحفاظ على أوعية المعلومات المكتبية، والأثاث المتوفر. وتتفق الوسائل المتوفرة في مجال مكافحة الحرائق مع المواصفات والمقاييس المتبعة عالمياً، وبأعداد تتناسب مع مساحة المكتبة. ومن هذه الوسائل:

• أجهزة إطفاء بأنواعها المختلفة: (البودرة، الهالون، وخراطيم المياه(
• أجهزة إنذار: وهي عبارة عن كواشف دخان (مجسات) موزعة على القاعات المختلفة، والممرات والغرف الإدارية، وتعمل مباشرة بمجرد وجود دخان بالمكان، وتعطي جرس إنذار مع تحديد مكان الخطر على شاشة الإنذار الرئيسة داخل المكتبة.
• مداخل المكتبة: صممت المكتبة على أن يكون لها مدخلان، لكل مدخل درج خاص يمكن استخدامهما أو أحدهما في حال حدوث أي خطر.
• وجود حماية لبعض الشبابيك التي تشكل خطراً على المستفيدين.